La formulación, ejecución y liquidación del
Fondo Presupuestario Anual de cada seguro son responsabilidad del Director de cada Administradora. La aprobación de la proforma y la evaluación de resultados del Fondo Presupuestario Anual de cada seguro son responsabilidad del Consejo Directivo del IESS. El control previo y concurrente durante la ejecución presupuestaria es responsabilidad de cada uno de los funcionarios ordenadores de ingresos y gastos de la respectiva Administradora. La Auditoría Interna del IESS es responsable de la aplicación de auditorías operacionales posteriores a la ejecución presupuestaria.